El «Xeneize» enfrentará al ganador de Nacional de Paraguay – Alianza Lima.
Boca irá frente al ganador de Nacional de Paraguay o Alianza Lima de Perú en la segunda fase del repechaje para entrar a la fase de grupos de la Copa Libertadores producto de haber clasificado como el tercero de la tabla anual de la Primera División del fútbol argentino.
En el sorteo que se realizó en Luque, Paraguay, Boca ocupó el bombo uno gracias al ranking Conmebol por lo que esquivó posibles fuertes rivales y, en caso de pasar, enfrentará al ganador de Independiente de Santa Fe o Deportes Iquique.
De la mano de Fernando Gago, Boca consiguió la clasificación al repechaje de la Copa Libertadores gracias a un gran sprint final en la Liga Profesional de Fútbol, en el que cosechó cinco triunfos y dos empates en las últimas siete fechas.
La edición 2025 podría significar el retorno de Boca a la fase de grupos de la Copa Libertadores, luego de ausentarse en el 2024 por jugar la Copa Sudamericana. En el caso de que el conjunto de la Ribera no llegue a la fase de grupos, para clasificar a la Sudamericana deberá al menos, perder en Fase 3.
El primero de los sorteos fue el de la Fase 1 donde Blooming (Bolivia) irá frente a El Nacional (Ecuador), Nacional de Paraguay ante Alianza Lima (Perú) y Monagas (Venezuela) lo hará frente a Defensor Sporting (Uruguay).
Por consiguiente, en la segunda fase los duelos quedaron de la siguiente manera:
Deportes Iquique (Chile) – Independiente Santa Fe (Colombia) (C1).
The Strongest (Bolivia) – Bahia (Brasil) (C2).
Ganador de Monagas/Defensor Sporting – Cerro Porteño (Paraguay) (C3).
Ganador de Blooming/El Nacional – Barcelona (Ecuador) (C4).
Universidad Central (Venezuela) – Corinthians (Brasil) (C5).
Representante Colombia (Millonarios o Deportes Tolima) – Melgar (Perú) (C6).
Boston River (Uruguay) – Ñublense (Chile) (C7).
Ganador de Nacional (P)/Alianza Lima – Boca (C8).
A su vez, los ganadores de esta segunda fase definirán los últimos cuatro cupos a la Copa Libertadores y los cruces serán entre: .
C1-C8.
C2-C7.
C3-C6.
C4-C5.